Le 21 septembre 1792, la Convention succède à l’Assemblée législative, qui elle-même avait déjà remplacé l’Assemblée constituante.

La République est proclamée le lendemain. La Société populaire et le Comité de surveillance (institutions révolutionnaires locales) fraîchement mises en place, font de Rochefort une ville ultra-jacobine.

L'exécution du roi le 21 janvier 1793, marque le début de la radicalisation de la révolution, sous l'impulsion du parti de la Montagne, l'une des principales factions de la Convention avec la Gironde. L'épuration des Girondins ouvre la voie à la dictature de la Montagne, qui met en place le Comité de salut public et le Tribunal révolutionnaire.

La Charente-Inférieure revêt dès lors une importance stratégique de par sa situation à proximité de la Vendée insurgée, mais aussi du fait de la chute de Toulon et de son arsenal :

Rochefort devient dès lors le seul grand arsenal de la République.

Envoyé de la Convention en août 1793 dans l’Oise et l’Aisne avec Sylvain-Phalier Lejeune, Joseph Lequinio ordonne l’arrestation de tous les nobles entre dix-sept et soixante ans pour les hommes, dix-sept et cinquante ans pour les femmes.

La Terreur à l'ordre du jour

- Le 5 septembre 1793, la Convention met « la Terreur » à l'ordre du jour : il s'agit d'organiser, systématiser et accélérer la répression des adversaires intérieurs de la République, entreprendre la punition punitive de « tous les traîtres ». Ce jour-là, les sans-culottes ont envahi l'Assemblée réclamant du pain et la guillotine, « l'instrument fatal qui tranche d'un seul coup et les complots et les jours de leurs auteurs ». C'est donc une revendication, un trait de mentalité caractéristique de l'activisme révolutionnaire. Le complot s'alimente à l'idée de la toute-puissance de l'ennemi. La guerre efface la ligne qui sépare opposition et trahison.

La Convention charge Lequinio et Laignelot de réorganiser les ports de La Rochelle et de Rochefort.

Les deux hommes achèvent la désorganisation d’une marine en décomposition, arrêtant les officiers à tort et à travers, notamment Louis-René-Madeleine de Latouche-Tréville

Le 17 septembre, l'assemblée vote la loi des suspects qui permet l'arrestation de ceux qui « n'ayant rien fait contre la Liberté, n'ont rien fait pour elle ».

Il se consacre avec zèle à la déchristianisation de la Charente-Inférieure, ce qui lui vaut des réprimandes du Comité de salut public, averti de ses excès par Sylvain Phalier Lejeune.

Lequinio établit une commission révolutionnaire à La Rochelle le 23 septembre 1793 pour juger les 750 à 800 prisonniers vendéens enfermés dans les prisons de la ville. Selon les ordres du représentant en mission, la peine de mort n'est appliquée qu'aux prêtres, aux bourgeois, aux nobles, aux maltôtiers, aux déserteurs et aux contrebandiers, 60 sont guillotinés. Les paysans et les ouvriers sont, de leur côté, condamnés aux travaux à la chaîne mais 510 meurent des épidémies.

À Rochefort, les représentants Lequinio et Laignelot instaurent en octobre un tribunal révolutionnaire pour juger les équipages de L'Apollon, du Généreux et du Pluvier, impliqués dans l'insurrection de Toulon.

Le tribunal révolutionnaire de Rochefort est créé le 3 novembre 1793 sur l'initiative de Joseph Lequinio et de Joseph François Laignelot, représentants du peuple envoyés par la Convention. Formé de trois juges, d'un accusateur public, d'un substitut et de douze jurés, sa juridiction s'étend à l'ensemble du département. Cette institution opaque, entièrement soumise à la volonté de ses créateurs, ne tarde pas à se rendre odieuse, certains membres de la cour n'hésitant pas à recourir au tribunal pour assouvir des vengeances personnelles.

L’arrivée de la guillotine fut un événement pour les sans-culottes rochefortais qui, poussés par les deux représentants du peuple en mission – Jean-François Laignelot, député de la Seine, et Joseph Lequinio, député du Morbihan – étaient impatients de la voir fonctionner.

==> Justice révolutionnaire à Niort.

==> À Rochefort, les représentants Lequinio et Laignelot instaurent en octobre 1793 un tribunal révolutionnaire

1er août 1793 Décret relatif aux mesures à prendre contre les rebelles de Vendée; Détruisez la Vendée <==