Pendant les guerres de Religion, le château connaît une nouvelle campagne de travaux, menée par Philippe-Emmanuel de Lorraine, duc de Mercœur et gouverneur de Bretagne.

Celui-ci, mécontent de la politique modérée d'Henri III, rejoint la Ligue catholique et forme même une petite « Ligue bretonne » pour défendre les intérêts catholiques en Bretagne.

 Soutenu par la plupart des cités bretonnes ainsi que par l'Espagne, soucieux de protéger la ville des attaques protestantes provenant du Poitou ou de Bretagne, le gouverneur fait du château une forteresse moderne, prête à se défendre contre les forces du roi.

En 1595, le duc de Mercoeur voulant fit élever trois Bastions : le demi Bastion Saint-Pierre, le grand Bastion Est et le Bastion du Port Maillard. Ces derniers sont dotés de terrasses pour recevoir des canons

Il appose son emblème, la croix de Lorraine, sur les murs du château, et il y tient sa propre cour.

Sa femme est descendante des ducs de Bretagne, et il titre son fils « prince et duc de Bretagne », songeant rétablir l'indépendance bretonne. Marie de Luxembourg, dame de Civray, duchesse de Mercoeur, d'Étampes et de Penthièvre,  mourut à Anet le 6 septembre 1623.

Quoique le parti de la Ligue fût entièrement épuisé, le duc de Mercœur reculait à faire son accommodement.

Il s'était jeté entre les bras des Espagnols dans l'espérance qu'il serait compris dans le traité, en qualité de leur allié. Il avait formé un puissant parti en Bretagne, où il s'était flatté de se faire souverain; mais la plupart des places dont il était en possession, ayant été prises aussitôt qu'attaquées, il vit bien qu'il ne devait chercher son salut que dans la clémence du vainqueur.

Le duc de Mercœur  (1), doit néanmoins se rendre à Henri IV en 1598, après la déroute de son armée.

Le 28 mars 1598, le duc de Mercœur rencontre Henri IV à Briollay, terre qui dépendait du château du Verger, où le duc de Rohan l'avait mené à la chasse.

C'est là que Mercoeur, à la vue du roi, il se jette à ses pieds et jure de lui être fidèle ; Henri, touché de ses protestations et de ses regrets, lui tend la main, l'accueille avec bonté et le conduit dans l'appartement de la duchesse de Beaufort.

Duplessis-Mornay, ami fidèle d’Henri IV assiste à cette scène.

Le traité de paix de Vervins (2) était alors fort avancé.

 Les deux partis étaient également las de la guerre, et chacun avait ses raisons de faire la paix.

Mercoeur eut recours au crédit de la duchesse de Beaufort, qui promit de lui procurer une défaite avantageuse, s'il voulait marier sa fille unique à son fils aîné, qu'on nommait ordinairement César-Monsieur.

Le duc de Mercœur ne rejetait pas tout à fait cette proposition ; mais Marie de Luxembourg- Martigues, son épouse, princesse fière et ambitieuse, n'y pouvait consentir, parce qu'elle aspirait à une plus haute alliance.

Le duc, cependant, se trouvant pressé, s'avisa pour donner le change à la duchesse de Beaufort, d'envoyer sa femme à la cour, avec ordre d'offrir leur fille au roi, pour en disposer en faveur de qui il voudrait.

Comme le duc de Mercœur savait que les dames avaient beaucoup de pouvoir sur l'esprit de Sa Majesté, il avait bonne opinion du voyage de sa femme : mais la duchesse de Beaufort, qui sentit le coup, et qui vit leur but, chercha à les contrarier dans leur dessein ; car, au lieu de travailler à leur rendre service, elle leur fit connaître qu'ils ne pouvaient se tirer d'affaire que par sa seule intercession.

Aussi la duchesse de Mercœur fut-elle désappointée en arrivant aux portes d'Angers, où se trouvait alors le roi ; car elle ne put entrer dans la ville et fut contrainte de se retirer au pont de Cé.

1466 Mandement du duc François II pour la reconstruction du château de Nantes - Mathurin Rodier, Architecte de la cathédrale<==... ...==> Le roi Henri IV et Gabrielle d'Estrées arrivent le 6 mars 1598 et couchent aux Ponts-de-Cé.

Les vestiges des fortifications du vieux Nantes mis au jour lors des fouilles menées par le chanoine Durville -

Si Gérard Mellier, qui fut maire de Nantes au commencement du XVIIIe siècle, revenait en ce monde, il n'est pas bien sûr qu'il reconnaîtrait aujourd'hui la cité bretonne à laquelle il avait consacré sa rare intelligence et son dévouement inépuisable.

(1)   Philippe Emmanuel de Lorraine, duc de Mercoeur, dit « cavalier Saint-Pierre », beau-frère de Henri III, gouverneur de Bretagne depuis 1582, le dernier des Ligueurs. Né à Nomény en 1558, mort en 1602, épousa Marie de Luxembourg, duchesse de Penthièvre, et fut nommé gouverneur de la Bretagne.

Il se déclara, après la mort des Guises, le chef de la Ligue dans sa province, traita avec l’Espagne, se maintint contre les troupes royales, consentit à signer une trêve avec Henri IV en 1595, et lui vendit la soumission en 1598, à la condition que sa fille épouserait le duc de Vendôme.

L’empereur Rodolphe II lui ayant offert, en 1601, le commandement de son armée contre les Turcs, il battit les troupes ottomanes en Hongrie, mais mourut, en revenant en France, à Nuremberg.

(2) La paix de Vervins, qui met fin à la guerre franco-espagnole de 1595-1598, est signée le 2 mai 1598 à Vervins (actuellement située dans l'Aisne) entre les rois Henri IV de France et Philippe II d'Espagne.